11 Miljoen jaar geleden leefden de vroegste voorouders van de kamelen op het continent dat nu gekend is als Noord-Amerika. Ongeveer 3 miljoen jaar geleden migreerden sommige van deze dieren naar Zuid-Amerika, en ontwikkelden zich in guanacos, vicuñas en andere nu uitgestorven soorten, waarvan één tot 3 meter schofthoogte had. Andere kamelen migreerden over de landbrug die toen nog bestond naar Azië en ontwikkelden uiteindelijk in de oude wereld cameliden, de Bactrische kameel en Dromedarissen van vandaag.

Ongeveer 15000 jaar geleden kwam de eerste mens in Zuid-Amerika. Tot ongeveer 7000 jaar geleden leefde deze als jager of landbouwer, die wilde herten, guanacos en vicuñas bejaagde om te voorzien in vlees, huiden en beenderen om als gereedschap te gebruiken. Tussen 7 en 6000 jaar geleden ging de mens de guanacos en vicuñas hoeden. Uit de domesticatie van de vicuña ontstond zo'n 6000 jaar geleden de alpaca. Vanaf die tijd ontwikkelde de wonderbaarlijke kleuren variëteit van de alpaca zich. In het wild werd de kleur sterk beïnvloed door de natuurlijke camouflage kleuren van de vicuña. In gevangenschap waren deze niet langer noodzakelijk. Als gevolg van de domesticatie ontwikkelde de alpaca zijn continu groeiende vacht.

Opeenvolgende bevolkingsculturen in Zuid-Amerika kweekten alpaca's van de hoogtes van de Andes op 4000 m, tot de kust regio's. 1000 jaar oude gemummificeerde alpaca en lama resten bewijzen de selectieve kweek voor fijne vezels in beide soorten. De alpaca's hadden 17.9 micron meting met slechts 1.1% afwijking over de ganse vacht. Deze gemummificeerde lama's en alpaca's werden ontdekt nabij Moquegua in Zuid-Peru, op 1000 m hoogte. Ze waren begraven in de vloeren van de huizen als offer aan de goden. Hun wonderbaarlijke conservering in de aarde was het gevolg van het totale regen vrije klimaat. Hierdoor waren wetenschappers in staat dieren uit het pre-conquestador tijdperk te bestuderen.
Als gevolg van de Spaanse verovering van Peru zijn 90% van de inheemse bevolking en dieren uitgeroeid. De Peruanen hebben echter hun alpaca fok programma terug opgestart, vooral gedurende de laatste eeuw., om aan de wereldwijde vraag naar de luxe vezel die de alpaca voortbrengt te kunnen voldoen.

Alpaca wol was gewild bij de Inca's, wiens afstammelingen nog steeds op de zelfde wijze als hun voorouders de vezel spinnen.
Ze maken gebruik van een "drop spindle", kleuren de draad daarna en breien of weven ze in de meest ingewikkelde patronen.
Er zijn ongeveer 3 miljoen alpaca's in Peru, 300.000 in Bolivia en slechts 30.000 in Chili.
Net zoals de Peruanen al duizenden jaren doen, streven alpaca fokkers over gans de wereld tegenwoordig om de vezel kwaliteit en vorm te verbeteren.
Als hoogtepunt van 30 jaar werk heeft Dr Jane Wheeler bewezen dat Alpaca's de gedomesticeerde vicuña is, en de lama de gedomesticeerde guanaco.